Exacto, para poder jugar con una cuenta de FB tienes que tener ese FB en concreto abierto, así que, hay que salir desde el juego, y también cerrar sesión de FB con la cuenta que no quiera jugar.
Te aconsejaría loguearte desde google play usando las mismas cuentas de gmail (si es que son gmail) de las 2 cuentas de FB.
Saludos!