Buenas, y bienvenido al foro

Las sustituciones automáticas se realizan cuando no asistes a un partido y un jugador se lesiona. No son sustituciones programadas.

Sanciones, lo primero que mira el juego si hay un jugador suspendido o lesionado para el 2º partido del día si, como comentas, no puedes atender, es la lista de auto substituciones, y en caso de no poder usarlos por la razón que sea, luego mira la lista con los substitutos para el partido, primero el que pueda cubrir la posición y esté mas arriba en la lista, y si no el primero de la lista de substitutos aunque no sea un jugador perteneciente a la misma posición.

Respeto a plantear, una formación para los partidos de Liga, y luego otra para partidos de Copa o Champions, es una opción que lleva tiempo sugiriéndose, pero por el momento no está implementada.
Ha habido también, sugerencias para poner substituciones programadas, en caso de no atender, cambios de ordenes, y demás cosas al respecto, pero, por ahora están por implementar. Vamos a ver que novedades habrá este 2016 en Top Eleven y si las cosas van por este camino :P

Saludos y suerte!